艾奥级巡洋舰作为游戏中综合性能较强的舰种，其保护难题主要集中在生存能力和战略定位的平衡上。该舰船虽然搭载了高输出的雷式离子炮体系，但前排站位的设计使其容易成为敌方火力的优先目标，闪避属性虽有一定弥补，但仍需依赖其他舰船吸引火力才能发挥完整战斗力。装甲体系的物理抵抗和能量装甲涂层是提高生存的决定因素，但技术值分配往往需要优先强化离子炮输出，导致防护能力提高受限。

动力体系的双闪避加点虽能进步机动性，但面对大规模集火时仍显不足。附加动力体系中的紧急躲避体系强化和姿态调整引擎强化需要消耗大量技术值，和武器体系的强化形成资源竞争。艾奥级对能量武器的依赖性使其在遭遇高抵抗目标时输出效率下降，若防护不足容易陷入被动。舰船默认的8艘服役上限也限制了其作为主力防御舰种的规模优势。

艾奥级仅配备轻型导弹和通用火炮用于自卫，对战机群的拦截效率较低，需要组合专职防空舰船如光锥级区域防空型才能形成有效防护网。攻城型艾奥级虽强化了攻城伤害，但护盾机制的存在使其在据点攻坚时面临更长的暴露时刻，进一步放大了防护缺陷。

战略层面的保护难题体现在编队灵活性不足。艾奥级作为前排输出舰，既需要保持离子炮射程优势，又需避免过度突进导致脱离护航范围。其18点指挥值占用较高，在中小规模舰队中难以兼顾火力和防护配比。同盟作战时若未统一集火目标，分散的火力容易使艾奥级陷入多路线受敌的困境。

化解这些难题的核心在于技术值的精准分配和舰队协同。优先确保装甲体系和动力体系的基础防护加点后，再逐步强化武器输出，同时通过战巡或重型巡洋舰在前排承担主要伤害。在同盟作战中应建立明确的集火指令和撤退机制，利用星门快速调动实现动态防护。